Каменный храм в селе Панино появился благодаря графине Клейнмихель, к которой обратились с просьбой крепостные крестьяне. Дата постройки церкви святителя Митрофана Воронежского в с. Панино – 1855 г. В стене храма сохранился кирпич, на котором выбиты 1827 год и фамилия Клейнмихель.
Добрую память о себе оставил священник Стефан Нестеров, служивший до Великой Отечественной войны полковником в царской армии. Это был великодушный, высокообразованный и знающий себе цену человек. К своим пастырским обязанностям отец Стефан относился с чувством высокой ответственности. Под его руководством и при его прямом участии работала церковно-приходская школа. Во время Гражданской войны, когда «деникинцы хотели расстрелять братьев Гречухиных, отец Стефан защитил их, не побоявшись навлечь на себя гнев военных. Авторитет священника в селе был всеобщим, поэтому именно его выбрали председателем комитета бедноты села. Семья батюшки Стефана жила в доме построенном епархией. В 1927 году дом и земли принадлежащие церкви власти забрали, но священник не уехал из села, а поселился с семьей на квартире прихожанки Е.М. Гайдуковой и продолжал там совершать богослужения.
Последние годы своей жизни отец Стефан Нестеров жил в селе Амосовка Медвенского района. Он завещал чтобы его похоронили в с. Панино. Волю любимого батюшки исполнили. В настоящее время ученики Панинской  школы с учителем Зоей Петровной Гайдуковой привели в порядок и ухаживают за могилой священника Стефана Нестерова.
В 1938 году колхоз «Большевик» выкупил церковь у государства и в ней хранилось зерно. Во время немецкой оккупации церковь была открыта, но в 1948 году по решению общего собрания селян ее вновь закрыли и заняли под склад.
Лишь спустя 42 года в августе 1990 года Митрофановский храм вновь открыли. Весной 1991 года священник Ростислав Голик возобновил богослужения в храме. С 1996 по 2004 гг. богослужения проводил иерей Александр Ермаков. С 2004 по 2011 гг. -иерей  Александр Колисниченко. С декабря 2011 года и по настоящее время настоятелем Митрофановского храма является иерей Иоанн Твердохлеб. Молитвами и трудами прихода в августе 2012 года начались ремонтно-восстановительные работы. Средства на проведение наружных работ храма выделил М.В. Клыков, генеральный директор ОАО «Гарант» в Беловском районе с. Вишнево. Прихожане помогали и молитвой, и трудом, и средствами. За лето и осень 2012 года были выполнены наружные реставрационные работы всего храма, включая колокольню. Бригада рабочих из Курска с прорабом Евгением Михайловичем Литвиновым отнеслась к этому богоугодному делу ответственно и старательно. Храм был оштукатурен и выкрашен в желтый и белый цвета. Купола покрашены в голубой (небесный) цвет. В середине июня 2013 года начался ремонт внутренних стен храма. В стенах имелись глубокие трещины, которые были опасны не только для жизни людей, но и могли привести к дальнейшему разрушению храма.
Иконостас самодельный заменили на новый, который пожертвовали от Пантелеимоновской церкви города Курска и который раньше стоял в Сергиево-Казанском соборе в приделе на 1-м этаже. После реставрации стен осенью 2013 года была выполнена замена полов храма. Зерно, которое во время использования здания храма под зерновое хранилище просыпалось под пол - вычистили. В алтаре постелили полы из дубовых досок, в трапезной части храма - из дубовых и сосновых.
В этом году Митрофановскому храму исполнилось 160 лет. В этот юбилейный год были закончены ремонтно-восстановительные работы и теперь величественный храм предстаёт взору каждого въезжающего в село.
Перед началом освящения храма курский архипастырь поздравил всех собравшихся с радостным, торжественным событием и отметил его историческую значимость. Участниками духовного торжества стали жители с. Панино и окрестных сел.
По окончании богослужения владыка Герман поблагодарил благотворителей и всех, кто многие годы по мере сил трудился и участвовал в преображении храма в честь свт. Митрофана Воронежского, пожелал им помощи Божией и благословенных успехов на многая лета. Юбилейной медали  РПЦ "В память 1000-летия преставления святого равноапостольного князя Владимира" удостоен М.В. Клыков, архиерейскими грамотами награждены: Н.С. Куркин, В.С. Кузнецова, П.И. Переверзев, Б.М. Сапожков, Е.М. Литвинов, а также благодарственные письма вручены активным прихожанам за многолетние труды, понесенные на благо храма.