7 апреля 1923 года, в день Благовещения Пресвятой Богородицы в Минском Свято-Петропавловском кафедральном соборе протоиерей Иоанн Пашин был возведен в сан епископа Мозырско-Туровского викариатства. Затем – служение в городе Петрикове, жители которого запомнили его «высоким русоволосым человеком с голубыми глазами, любящим Бога и людей, добрым, заботливым, певшим на клиросе, когда появлялась возможность». Однажды, когда владыка стоял на клиросе, один местный житель выстрелил в него, но певчая закрыла собой епископа и была ранена. Большое внимание владыка Иоанн уделял воспитанию детей и молодежи, создав братство и сестричество милосердия, устроив у себя дома нечто вроде церковно-приходской школы, что не могло понравиться местной власти. В 1926 году епископа арестовали, лишили права проживания в крупных городах и выслали из Петрикова в город Лоев Гомельского округа. Здесь он, как свидетельствуют документы следственного дела, «вновь развернул антисоветскую работу, выразившуюся в нелегальном управлении епархией и распространении контрреволюционных слухов». Владыка Иоанн был приговорен к ссылке в Зырянский край на три года.
 Когда он вернулся из ссылки, митрополит Сергий (Страгородский) направил его в Рыльск викарием Курской епархии. В августе 1929 года епископ Иоанн направился в Рыльск «на вольное поселение», посетив в Курске архиепископа Курского Дамиана (Воскресенского), будущего священномученика.
 В это время советская власть, проводя широкомасштабную коллективизацию сельского хозяйства, усилила гонение на Русскую Православную Церковь. Было сфабриковано дело о контрреволюционной организации «Ревнители Церкви», якобы действовавшей на территории Центрально-Черноземной области. По этому делу было арестовано 413 человек, среди которых три епископа: архиепископ Курский Дамиан (Воскресенский), епископ Орловский Николай (Могилевский), епископ Рыльский Иоанн (Пашин). Владыку Иоанна арестовали 28 сентября 1932 года, на допросах он виновным себя не признал и никого не оговорил. Тем не менее, был приговорен к десяти годам заключения в Темниковском лагере. Там епископу Иоанну пришлось выполнять непосильную физическую работу, в основном на заготовке дров и лесоповале. Тяжелые испытания подорвали здоровье владыки, но только укрепили его дух. Он не переставал молиться и совершать богослужения в условиях лагеря.

5 января 1938 года по распоряжению НКВД Архангельской области епископ Иоанн был приговорен к смертной казни и 11 марта того же года расстрелян в поселоке Чибью Ижемского района Печорского округа Коми АССР (Республика Коми Российской Федерациии) и погребен в безвестной могиле.
Память священномученика Иоанна совершается 26 февраля/11 марта, а также 19 июля/1 августа в Соборе святых в земле Курской просиявших.