Священномученик Никодим (Кононов), в миру Александр, родился 18 июня 1871 г. в Архангельской губернии, в семье священника. В 1892 г. он поступил в Санкт-Петербургскую духовную академию. На четвертом курсе принял монашество, вскоре был рукоположен во иеродиакона, а потом во иеромонаха. В 1896 г. закончил академию со степенью кандидата богословия и летом того же года был на­значен смотрителем в Александро-Невское духовное училище.
В Санкт-Петербурге отец Никодим проводит большую работу по составлению житий святых отцов, просиявших в северных и ураль­ских землях, среди них «Верное и краткое исчисление преподоб­ных отец Соловецких, в посте и добродетельных подвигах просияв­ших, и исторические сведения о церковном их почитании», «Соло­вецкие подвижники благочестия XVIII-XIXвв.», «Преподобный Иов, Уральский чудотворец, и судьба основанной им обители», «Препо­добный Никодим, пустынножитель Хозьюгский», «Древнейшие ар­хангельские святые и исторические сведения о церковном их почи­тании. Археологические очерки», «Архангельский патерик», «Рус­ские святые и подвижники благочестия, подвизавшиеся и чтимые в приделах Санкт-Петербургской епархии XIV—XVII вв.», «Преподоб­ный Александр Свирский и его ученики-подвижники».
В 1901 г. он возведен в сан архимандрита, а 17 января 1904 г. архимандрит Никодим назначен ректором Калужской духовной се­минарии.
Прошло несколько лет, и архимандрит Никодим получает назна­чение на Север, где с 19 марта 1909 г. возглавляет Олонецкую ду­ховную семинарию. Выходит в свет еще один его труд - «Старец отец Наум Соловецкий, подвижник-карел» (1910).
9 января 1911 г. в Санкт-Петербурге архимандрит Никодим хи­ротонисан во епископа. Хиротонию совершали митрополиты: Мос­ковский и Коломенский Владимир (Богоявленский), Киевский Флавиан и другие. Епископ Никодим направляется в Курскую епархию, где несет послушание епископа Рыльского, викария Курской епар­хии. В то время в состав Курской епархии входила и Белгородская. Епископ Никодим прибыл сюда незадолго до открытия мощей свт. Иоасафа Белгородского. Здесь епископу Никодиму суждено было принять мученическую смерть. Господь отпустил епископу Никоди­му время, чтобы на земле, освященной служением Святителя Иоаса­фа, поработать во славу своего святого предшественника. Епископ Никодим составляет акафист святителю Иоасафу. 
«Этот благодатный труд преосвященного является образцом сре­ди акафистов, составленных в России... Красотою образов духов­ных легко запоминаясь, он рождает святую любовь к угоднику Божию», - так отзывались современники о труде владыки. Епископ Никодим проделал громадную работу и выпустил книгу «Житие, про­славление и чудеса святителя Иоасафа» (Курск, 1914), содержав­шую ценные биографические документы, иллюстрации, докумен­тальные данные о чудесах, совершенных предстательством святи­теля.
Владыка Никодим был инициатором создания и одним из соста­вителей многотомного труда «Жизнеописания отечественных под­вижников благочестия XVIII-XIX столетий». В 1917 г. за свои труды он был удостоен степени магистра богословия. За небольшое время служения в Белгороде он снискал любовь и уважение людей. Пропо­веди епископа Никодима отличались «необыкновенной силой бого­словской истины, красоты, выразительности и убедительности». Слу­жил он истово и отрешенно, весь уходя в служение Богу, был «как посланец с небес среди земных людей». Верующим нравилась осо­бая повествовательно-напевная манера чтения молитв во время бо­гослужения. Как архипастырь, он действовал сообразно обстоятель­ствам, мог быть или непреклонно строг, или снисходителен и забот­лив. Не оставались без внимания владыки и дела благотворительности – учреждались и поддерживались дома престарелых и сирот, на полном иждивении владыки жили перед революцией два воспитанника духовного учебного заведения.
1917 год принес гонения на Церковь и ее служителей. Епископ Никодим в своих проповедях обличал насилие, грабежи и убий­ства, совершаемые властями ради утверждения своих идей, он про­поведовал, что Законы Божии выше законов человеческих. Он сра­жался доступными ему духовными средствами – проповеди влады­ки были поистине «мечом духовным», им он защищал свою паству. Близкое окружение предостерегало любимого архипастыря от сме­лых шагов, совершенно обоснованно опасаясь за его жизнь, но он, не ограничиваясь проповедью с кафедры собора, регулярно про­водил беседы на религиозно-нравственные темы. Епископ Нико­дим чудом избежал ареста.
Осенью 1918 г. в Киеве состоялся Съезд архиереев юга России, в котором участвовал и епископ Никодим. Когда съезд закончился, ему настоятельно предлагали не спешить в Белгород, но владыка и слышать не хотел об этом. По прибытии в Белгород он не стал скрываться от властей, как того желала братия Троицкого монастыря, где была резиденция архипастыря. Власти только ждали удобного случая, чтобы его арестовать.
Наступало Рождество Христово 1919 г. В кафедральном Троицком соборе владыка совершил Рождественское богослужение, потом принимал у себя представителей белгородского духовенства. В это время сюда явился известный своей жестокостью комиссар Саенко. Епископу было приказано немедленно следовать в ЧК. Успокоив всех присутствующих, владыка отправился в Чрезвычайку, располагавшуюся в здании бывшей земской управы. Весть об аресте архипастыря быстро распространилась по городу. Быстро организовались депутации в защиту любимого пастыря. Одну из них возглавила начальница 2-й женской гимназии М.Д. Кияновская. Мария Дмитриевна, жена священника, не скрывала своих религиозных и политических убеждений. В тот же день, в праздник Рождества Христова, она была арестована как «руководительница контрреволюционной демонстрации» и расстреляна.
Опасаясь волнений, владыку отпустили через несколько часов, но на свободе ему уже оставалось быть совсем недолго. На второй день Рождества епископ Никодим совершил последнюю в своей жизни Божественную литургию, произнес проповедь, а во время вечернего богослужения был арестован красноармейцами прямо в алтаре и тайно выведен из храма. Священномученик Никодим содержался в здании ЧК, где в подвале его подвергали допросам и пыткам.
По приказу того все того же комиссара Саенко 10 января 1919 г. (н.ст.) священномученик Никодим был расстрелян. Желая скрыть от народа эту казнь и боясь отказа красноармейцев расстрелять уважаемого пастыря, его повели на расстрел в военной шинели. Владыку тайно захоронили в общей могиле за городом. Все же люди узнали место погребения своего архипастыря. Братскую могилу верующие тайно украшали цветами и ветвями. Кроме цветов и зелени на могиле появились кресты, иконки и даже лампадки. У братской могилы служили панихиды по христианском мученике, незабвенном епископе Никодиме.
После взятия Белгорода Добровольческой армией (через полгода после расстрела владыки) братская могила была вскрыта. Тело священномученика узнали по сохранившемуся на нем монашескому параману. Медицинский осмотр убиенного пастыря установил кроме огнестрельной раны в груди (не смертельной), пролом черепа от удара тяжелым тупым предметом, огромный кровоподтек в верхней части головы и пролом гортанных хрящей от удушения. Останки епископа Никодима были перенесены в Троицкий монастырь при участии всего духовенства города и большом стечении народа, а погребен он был на завещанном им месте – у северной стены собора вблизи раки святителя Иоасафа. Спустя год мощи святителя Иоасафа были кощунственно вскрыты и увезены, в начале 1920-х гг. Троицкий собор был снесен, а останки епископа Никодима остались погребенными под его развалинами.
Священномученик епископ Белгородский Никодим (Кононов) канонизирован Архиерейским Собором Русской Православной Церкви 13–16 августа 2000 г. Память его совершается в день празднования Собора новомучеников и исповедников Российских, в день его мученической кончины и в 3-ю неделю по Пятидесятнице, в празднование Собора Санкт-Петербургских святых.
2 ноября 2012 года в Белгороде был вскрыт склеп с останками православного иерарха, предположительно принадлежащими священномученику Никодиму, обнаруженный при строительстве здания Белгородской митрополии на Свято-Троицком бульваре. После проведения идентификации останков Патриарх Московский и всея Руси Кирилл определил: «Найденные останки признать мощами священномученика Никодима (Кононова), епископа Белгородского. Внести в месяцеслов Русской Православной Церкви дату обретения мощей священномученика Никодима 20 октября / 2 ноября 2012 года».
Мощи священномученика находятся в храме при Белгородской митрополии.