Задолго до своего прибытия в Курскую губернию он проявил себя как неутомимый исследователь святого подвижничества и истории монастырей русского севера. Им был собран и переработан огромный фактический материал, опубликованный в виде многочисленных научных статей и отдельных трудов, среди которых можно указать «Древнейшие архангельские святые и исторические сведения о церковном их почитании», «Соловецкие подвижники благочестия XVIII–XIX вв.», «Русские святые и подвижники благочестия, подвизавшиеся и чтимые в пределах Санкт-Петербургской епархии, XIV–XVII вв.» и «Архангельский Патерик».
9 января 1911 года архимандрит Никодим был посвящен в Москве в епископа Рыльского, викария (помощника главного епископа) Курской епархии. Прибыв на место служения, епископ Никодим принял самое активное участие в подготовке и проведении торжества прославления святителя Иоасафа в лике святых. В 1913 г. владыка Никодим был переведен на епископскую кафедру в Белгород, где и оставался до самой своей гибели.
 После Октябрьского переворота архипастырь открыто встать на защиту православия и не скрывал своего отрицательного отношения к новой власти. В рождественские дни 1918 года его арестовали и расстреляли чекисты.
До настоящего времени существовало несколько версий гибели епископа Никодима, трудно соотносящихся друг с другом и не позволяющих восстановить полную картину произошедшего. Однако за прошедшее время в архивах были обнаружены свидетельства современников, очевидцев и даже участников ареста, расстрела и захоронения владыки. Сопоставление этих свидетельских показаний с позднейшими заявлениями бывших чекистов позволяет восстановить произошедшее в те дни чуть ли не по часам.
Определением Архиерейского Собора Русской Православной Церкви от 13 – 16 августа 2000 года священномученик Никодим, епископ Белгородский, был причислен к сонму новомучеников и исповедников Российских.
В начале ноября 2012 года на месте разрушенного в советские годы Свято-Троицкого мужского монастыря были обретены мощи святителя Никодима. Официальная процедура идентификации мощей подтвердила, что они принадлежат расстрелянному большевиками белгородскому первосвященнику.