Но великая учёность не надмевала профессора. Во время подготовки Поместного Собора 1917-18 годов Иван Васильевич "внешне выглядел как-то незначительно, но в глазах чувствовалась большая и глубокая сосредоточенность". Таким он запомнился современникам. Таким он начал свой исповеднический путь после закрытия Московской Духовной Академии. Гонения на него обрушились сначала как бывшего преподавателя МДА, потом как на сподвижника Св. Патриарха Тихона, а так же как на одного из хранителей святоотеческого предания.

И.В. Попов прошёл Соловецкий лагерь, где принимал активное участие в написании памятного "Соловецкого послания" 1926 года. Отбывал ссылку на севере, где в Сургуте познакомился со священномучеником Онуфрием (Гагалюком), будущим архиепископом Курским. (На допросах 1935 года владыка Онуфрий не отрицал факт этого знакомства и даже признался, что получил от профессора Попова дружеское письмо).

Оба святых были расстреляны в одном 1938-м году. Священномученик Онуфрий - в первый день лета в окрестностях Благовещенска. А мученик Иоанн Попов - в Енисейске в последний месяц зимы, 8 февраля.

Священник Владимир Русин, председатель Историко-архивной комиссии Курской епархии.