Храм построен в 1852 году по одному из образцовых проектов известного русского архитектора Константина Тона, типичных для середины XIX века. Строительство велось в два этапа: сначала был выстроен храм, увенчанный пятью куполами, позже к нему пристраивались трапезная с колокольней. В «Справочной книге о церквах, прихода и причтах Курской епархии» за 1908 год имеются сведения: «Церковь в селе Долгое каменная, построенная в 1852 году. Приход состоит из следующих деревень: д. Служня - 3 версты, д. Будановка - 3 версты, д. Мощенка - 7 верст, д. Дубовец - 5 верст, м. Коренная - 1 верста. Число душ в приходе - 3 тыс. 329 человек. 1 церковно-приходская школа, 2 земские школы». В 1868 году Долгое было крупным селом 133 двора и 1 тыс. 147 жителей. А в 2006 году в селе Долгое проживает 300 жителей. Бурные ветры истории пронеслись над куполами храма Иоакима и Анны за 154 года его существования. Но храм выжил, возродился буквально из руин. И в дни празднования тысячелетия крещения Руси (1988 год) он вновь был освящен. Тогда же архиепископ Курский и Белгородский Ювеналий освятил и нижний храм во имя Всех святых, в Земле Российской просиявших, устроенный в цокольном этаже. Храм за свою историю закрывался дважды. В 1937 году сломали четыре купола и арестовали священника Тимофея Чурилова (был расстрелян). По сей день неизвестно место его захоронения. В начале Великой Отечественной войны храм был открыт. В 1962 году, по смерти священника Иоанна Дивавина, храм закрыли под предлогом, что нет священника. Сам храм подвергся разорению, фрески и роспись частично сохранились и реставрированы. Колокола с колокольни сброшены и разбиты. Жители разобрали иконы и церковную утварь и имущество по домам. Храм использовали под складские помещения. На территории храма 17 июня 1931 года захоронен наместник Коренной пустыни архимандрит Иннокентий. В 2008 году был восстановлен исторический облик храма. Были возведены четыре малых купола, которые были разрушены в 1937 году. Храм является памятником архитектуры регионального значения.