В миру Иван Крюков, родился в Курске в семье мещан в 1795 году. С детства горел любовью к монашеству и подвижничеству. В возрасте девяти лет Иван был отдан на обучение мастеру по изготовлению изразцов, долгое время переносил чудовищную жестокость своего хозяина. Через некоторое время после завершения ученичества он женился по принуждению своей матери, открыл собственную мастерскую по изготовлению изразцовых печей, а чуть позже – два постоялых двора и трактир. После смерти жены, в 38-летнем возрасте, поступил в Глинскую пустынь Курской епархии, под руководство старца-игумена Филарета.
Полтора года являлся послушником, после чего получил право носить рясу. С самого поступления в монастырь Иван Крюков отличался простотой и искренностью, усердием и неутомимостью в молитве, которую сопровождал многими земными поклонами. Уже в послушнический период Иоанн прославился способностью исцелять больных. В монастыре он овладел грамотой. Через 7 лет он был пострижен в мантию с именем Иоанникия и назначен экономом обители. Проведя 11 лет в этой обители и преуспев в ней духовно, вместе с частью Глинской братии во главе с казначеем иеромонахом Арсением, он получил приглашение от настоятеля древней Успенской Святогорской пустыни Харьковской епархии.
В Святогорской обители он был оставлен в должности эконома и много потрудился для благоустройства Святогорья. Вот что о его деятельности пишет Василий Немирович-Данченко:
"Иоанн и тут обнаружил присущие ему характер и решительность. Не предупредив, он распорядился "отсечь" часть горы под гостиницу. Против него поднялось все, но он поборол препятствия, и гора была "отсечена". Иоанн вел войну с управителем Потемкиных, вступался за ограбленное ими крестьянство, и хотя на сем пути был смиряем настоятелем, но как упорное козлище, исполнив наложенное на него послушание, вновь вступал в бой с господскими холопами и отсекал горы. Потом уж его и смирять перестали – махнули рукой. В конце концов, впрочем, оказалось, что Иоанн был прав, за что на него наложили мантию. Вообще, в эту пору своей деятельности, малограмотный, энергический, не знающий устали, упрямый и изобретательный, Иоанн совершенно подходит к типу северного монаха-соловчанина. Затем Иоанн, а в мантии Иоанникий, является опять гостинником, опять "отсекает" горы, роется в земле, как крот, отыскивает и находит старые подземные храмы, собственноручно выбивает для них из цельных диких камней престолы".
Чуть позже Иоанникия рукоположили в иеромонахи и определили духовником к богомольцам. В этой должности он принимает активное участие в восстановлении подземных ходов. Работая в пещерах по их расчистке, он полюбил одну из меловых келий, в которой затворился в 1850 году, а через два года принял схиму. Об уходе святого Иоанна в затвор Немирович-Данченко пишет следующее:
"Убедившись, что Иоанникий не превозносится а жаждет подвига, Арсений приказал ему затвориться в простой жилой келье и запереть ставни. Трудно было одолеть Иоанникию в первое время ужас одиночества, особенно по ночам. Но он привык и затем перебрался в меловую скалу. Настоятель все еще отговаривал его. Стояли холода, печи там не было, и устраивать ее не дозволялось, но монах не внял. Наконец, ему разрешили затвориться совсем. Ввели в меловую пещеру – и заперли на замок. В дверях было проделано малое оконце для передачи пищи и пития.
Холод стоял там, как в леднике.... Так прошел целый год безвыходного пребывания в затворе, самый трудный год, потому что тело заточника еще только привыкало к сырости и холоду... Пробовали его испытывать – выводили на свет, приказывали остаться, но Иоанникий неизменно уходил назад. Так прошло еще шесть месяцев, по истечении которых его постригли в схиму и опять назвали Иоанном, разрешили приобщаться два раза в месяц, а в посты еженедельно".
А. Ф. Ковалевский, очевидец подвигов затворника, оставил описание быта его скромной келии:
"Представьте себе, читатель, тесную и низкую келию, своды которой не выше роста человеческого, иссеченную в мелу, свет в которую проникает через узкую скважину, пробуравленную наружу скалы на довольно большом расстоянии. Атмосфера келии резко холодная и сырая, напоминает собою ледник: она как бы колет вас и возбуждает в теле озноб лихорадочный. Все убранство келии составляет деревянный открытый гроб с большим надмогильным деревянным крестом у изголовья, на котором написан распятый Господь; в гробе немного соломы и возглавие, и в таком виде служил он ложем успокоения затворнику, претружденному подвигом бдения молитвенного. Вот все успокоение, которое дозволял себе подвижник: затем небольшой аналой у святых икон, деревянный обрубок, служивший вместо стула, кувшин для воды, горнец для пищи, нагольный тулуп, ветхая мантия с епитрахилью и неугасаемая лампада - удовлетворяли все жизненные потребности затворника, да еще неизменные его тяжелые железные вериги и жесткая власяница, которые носил он на своем теле и которые сами составляли немалое испытание своей тяжестью и остротой. Правило молитвенное по заповеди отца Арсения совершал он следующее: в сутки полагал 700 поклонов земных, 100 поясных, произносил молитв Иисусовых 5000, Богородичных 1000, читал акафисты Сладчайшему Иисусу, Богоматери и Страстям Христовым, помянник... приобщался Святых Христовых Тайн... в соседней пещерной церкви Иоанна Предтечи, где служилась еженедельно литургия по вторникам...
Сырость была такая, что одежда недолго служила, видимо истлевала и распадалась. Мириады насекомых кишели в келье, в гробу и одеждах подвижника, уязвляли до крови его тело и нарушали его покой, если только можно назвать покоем ложе в гробу при такой обстановке. Но крепость духа подвижника Божия была поистине изумительна: все терпел он мужественно ради Господа и спасения своей души; страдания Господа всегда представлял он взором души своей и, противопоставляя им свой подвиг, считал его ничтожным от искреннего сердца".
В таких трудах прожил подвижник в затворе 17 лет, причем первые 5 лет – без печного отопления. Раз в месяц святой покидал затвор, чтобы причаститься Святых Тайн в монастырской церкви. Братия монастыря обвиняла подвижника в гордости и глумилась над ним, но Иоанн приобрёл много почитателей среди мирян.
С середины 1850-х годов Иоанн причащался раз в неделю, после службы благословлял толпящийся в церкви народ, ради бесед с посетителями открывал двери своей кельи.
За подвижническую, самоотверженную любовь к Богу и ближним Господь при земной еще его жизни сподобил его благодатных даров непрестанной молитвы, дара рассуждения, прозорливости, даром целительства и чудотворений. От постоянного пребывания в темноте подвижник ослеп, и в последние годы жизни мог творить лишь непрестанную Иисусову молитву.
За неделю до кончины, сохраняя послушание воле настоятеля, тяжело больной старец был перевезен на больничный монастырский хутор Ахтырской Божией Матери, где 11 августа 1867 года мирно скончался. Преподобный Иоанн был похоронен у алтаря больничной церкви.
Широкое народное почитание Иоанна началось со дня его смерти. У мощей святого произошло множество чудесных исцелений, запись которых велась в монастыре. После большевистского переворота 1917 года, несмотря на препятствия, чинимые властями, паломничества к могиле Иоанна продолжались.
24 августа 1995 года, в день кончины, в год 200-летия со дня рождения, состоялось прославление подвижника Иоанна, затворника Святогорского, для местного почитания в лике преподобных Украинской Православной Церковью. С установлением в 2003 году Собора Курских святых преподобный Иоанн был включен и в него.
Всечестная глава его благоговейно хранится в Свято-Успенском соборе Святогорской Лавры, где еженедельно по четвергам перед Литургией служится молебен у раки святого, от которого подаются исцеления и помощь всем с верою притекающим. Ежегодно в день памяти преподобного - 24 августа совершается крестный ход вокруг обители с его мощами, на который собирается до десяти тысяч паломников.
