Из обнаруженной грамоты царя Михаила Федоровича от 17 июля 1612 года известно, что Троицкий монастырь, на месте которого ныне располагается Свято-Троицкий (Нижний) храм с приходом, построен по указу Бориса Годунова. Указ последовал в 1597 г., монастырь был построен к 1608 г., а в 1612 г. его уже разорили войска польского гетмана Жолкевского (по другим данным, монастырь разорен литовцами, расположившими свои войска в том самом месте, где сейчас находится Литовская улица). Это произошло после передачи по вкладной записи Закурной слободы, принадлежащей Курскому Богородицкому монастырю.
К Троицкому монастырю была еще приписана слобода Очаковская, которая быстро слилась с городом, и название ее утратилось.
В 1634 г. польское войско вновь разоряет Троицкий монастырь. После этого, судя по документам 1634 г., в которых речь идет уже не о монастыре, а только о Троицкой церкви, монастырь уже не смог вернуть себе прежний статус.
Новая Нижне-Троицкая каменная церковь строилась в одно время с каменным домом купца Хлопонина, расположенным рядом с храмом (сегодня это музей археологии). Ни о том, ни о другом здании не сохранилось никаких документальных архитектурных данных, поэтому неизвестно, как они выглядели во второй половине XVII века. Современные ученые пришли к выводу, что строения эти относятся не к XVII, а к первой половине XVIII века.
Впоследствии в одном из документов ЦГИА, относящемуся к 1734 году, было обнаружено следующее сообщение: «В прошлом 1733 году мая 13 дня прости мы каменное здание вместо церкви Живоначалъныя Троицы деревянного здания, которая весьма обветшала, и по тому нашему прошению дан указ Его Преосвященства, что вместо оной старой деревянной церкви вновь церковь Божию на том же месте, где на удобных местах по церковному чиноположению заложить, и она церковь Божия по силе вышереченного господина Ея Императорского Величества указу заложена нижняя церковь Божия, храм во имя ... Бориса и Глеба, построена и ко освящению приготовлена» (ЦГИА, ф.796, оп.15, д.363).
Таким образом, точной датой начала строительства каменной церкви Святой Троицы на месте обветшавшей деревянной следует считать 1733 г.
В «Описании курского наместничества» С. Ларионова приводится другая дата строительства каменной церкви - 1742 год.
Другие источники называют годом освящения Нижне-Троицкого храма 1740 г.
Свято-Троицкий храм отмечен строгой каноничностью архитектурного стиля.
Курские специалисты пишут о нем следующее: «Церковь построена в традициях русского зодчества второй половины XVII века. Храм кирпичный двухэтажный, одноглавый, по типу восьмерик на четверике. Приделы: северный - 1829 г., южный - 1842 г., на ширину четверика, подобно алтарю, имеют очертания в плане из трех дуг и сомкнутое полусводчатое покрытие. Двухуровневая трапезная соединяет храм с высокой четырехъярусной, восьмигранной на четверике, колокольней. Средний неф первого этажа и западный вход с перспективным порталом и двумя маленькими окошками по сторонам его являются, вероятно, фрагментом существовавшей здесь в конце XVII века одноименной церкви. В верхний храм ведут две крутые широкие лестницы в северной и южной пристройках к колокольне. Храм отличается скромным декоративным убранством, в основе которого - профилированные наличники и простые аркатурные фризы» (Е.В. Холодова, В.И. Склярук).
Постановлением Совмина РСФСР от 30.06.1960 года Свято-Троицкий храм г. Курска признан памятником архитектуры республиканского значения.